无论是高新技术企业认定，还是IPO上市审核，研发费用都是审核的重点，企业会计账面核算的研发费用、所得税申报的加计扣除研发费用、高新技术企业认定申报的研发费用，三者归集的口径大致相同，但也存在差异，审核机构在看到差异时往往会要求企业披露差异原因，从不同的口径验证研发费用的真实性和归集的准确性。本文将结合具体实例，探讨研发费用差异说明如何阐述。
案例1: 某真空科技股份有限公司
首轮审核问询问题：
关于管理费用和研发费用，申报文件显示报告期内发行人研发费用以人工费用、直接材料费用为主请发行人: 说明研发费用账面金额与研发费用加计扣除基数的差异。
差异说明回复:
公司向税务机关申请研发费用加计扣除优惠政策的研发费用金额小于实际发生的研发费用金额，主要原因如下：
1、公司不符合研发费用加计扣除范围的其他费用主要为研发相关的办公费、差旅费、租金及管理费等，该类费用不符合《财政部、国家税务总局、科技部关于完善研究开发费用税前加计扣除政策的通知》 (财税[2015] 119 号)、《关于提高研究开发费用税前加计扣除比例的通知》 (财税[2018] 99号)等相关文件的规范要求，公司在计算加计扣除的研发费用时进行了扣减。
2、公司委托外部机构或个人开展研发活动发生的费用，加计扣除时按照研发活动发生费用的80%作为加计扣除基数，对于不符合加计扣除范围的技术服务费未在纳税申报时进行加计扣除。
3、不符合研发费用加计扣除范围的折旧与摊销主要是研发实验室装修费的摊销、使用权资产折旧费，未在公司纳税申报时进行加计扣除。
案例2： 某科技股份有限公司
首轮审核问询问题：
关于研发费用，根据申报文件， (1) 公司研发费用分别为 3,020.05 万元、3,251.68 万元及4082.75 万元，占营业收入的比例分别为 24.88%、27.42%及 21.64%，可比公司分别为17.23%、18.15%和19.77%; (2)研发费用中，职工薪酬占比分别为 74.55%、77.86%和 82.90%，逐年增加。请企业说明报告期各期研发费用与申请研发费用加计扣除时所用研发费用的差异情况及原因。
差异说明回复:
报告期内，公司各年研发费用的发生额与每年汇算清缴时加计扣除的研发费用金额之间存在差异，研发费用与加计扣除数之间的差异情况具体如下：
公司根据《企业会计准则》《研发投入核算管理制度》等相关规定制定了完善的研发管理制度，明确研发费用的归集范围及核算程序，确保研发费用归集及核算的准确性。存在部分未加计扣除的情况，具体差异原因如下:
1、2020年度公司之子公司亏损较多，未产生企业所得税纳税义务，全额申报研发费用加计扣除对子公司生产经营及税收优惠影响较小，因此未申请研发费用的加计扣除。
2、2018 年研发人员奖金及部分研发人员薪酬。2018 年计算年终奖较晚，在汇算清缴前未能整理出加计扣除的相关资料，故此部分未申报研发加计扣除。2018 年部分研发人员的薪酬未分配在研发项目上，故此部分未申报研发加计扣除。
3、未申请加计扣除项目费用。公司与政府合作的科研项目，出于谨慎性原则，对于享受政府补助部分未申请加计扣除。
4、委外研发费用。委外研发费主要系公司委托企业对指定项目的技术开发，与高校开展联合实验室等费用，项目研发人员全部为企业、高校的员工，且公司并未单独立项并投入其他研发资源，从谨慎性出发，公司未申请加计扣除。
5、租赁费。租赁费用不属于加计扣除允许扣除的项目，因此公司未申请加计扣除。
6、资产折旧及长期待摊费用摊销。2019年部分资产折旧分配错误，因金额较小，未重新申报研发费用加计扣除金额。2020 年未申报研发费用加计扣除的金额为长期待摊费用摊销，系装修费摊销，因无法在各个研发项目之间进行准确划分，出于税务谨慎性原则，公司在申报研发费用加计扣除时对此类费用予以减除。
7、其他费用系零星工具费用报销，因无法在各个研发项目之间进行准确划分，出于税务谨慎性原则，公司在申报研发费用加计扣除时对此类费用予以减除。
高企认定审核部门通常会通过对各口径归集的研发费用进行比较，以验证研发费用的真实性和归集的准确性，如果企业在这方面存在较大差异，必定会引起审核部门的注意。因此，存在这种情况的企业应关注差异产生的原因，做出合理的解释。
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