组学文章的分析图同质化太严重？
小维自有妙招，且看第二式——。
自上次给大家介绍了别开生面的组学差异分析图后，收到很多老师的一致好评，同时也收到一些挑战，比如“介绍的这些图只展示了上下调的数量、差异倍数等等，那如果我想展示差异物质的类别怎么办？”那么今天再给大家介绍2个差异相关的分析图。老规矩，我们以代谢组为例，大家可以举一反三将以下分析用于转录组、蛋白组、微生物组等。
差异物质分类散点图
1.分析图介绍
差异物质分类散点图融合了物质差异情况和物质所属类别的结果，从这个图里可以直观看出哪种类型的物质检出最多，每类物质在比较组中的差异情况。下图的横坐标为代谢物类别，一种颜色代表一类物质，纵坐标为差异显著性，对P-value值做了-log10处理。正三角代表上调物质，倒三角代表下调物质，圆点为无显著差异的物质，三角形/圆形的大小代表VIP值的大小。
图1差异物质分类散点图
2.作图教程
授之以鱼不如授之以渔。如果我们没有很深厚的生物信息分析功底的话，漂亮的差异代谢物分类散点图怎么实现呢？
首先点击https://cloud.metware.cn/#/home，注册登录后，在云工具的搜索框中输入“分类”，选择差异物质分类散点图小工具。此时，如果您的项目是在迈维代谢检测完成的，可以直接使用结果文件夹中的表格，位置在2.Basic Analysis→打开需要做图的分组文件→选择后缀是info的表格（如下图）。找到表格后，直接在输入文件处上传，点击提交即可。如果您需要自己整理表格，可参照右边示例数据，注意列名必须包含Index, Class I、VIP、P-value和Type。
图2 表格位置和工具输入文件位置示意图
差异物质分类气泡图
1.分析图介绍
差异物质分类气泡图也是融合了物质差异情况和物质所属类别的结果，与差异物质散点图不同的是，气泡图可以展示二级分类，并且没有VIP结果的展示。从该图中同样可以直观得到不同类别物质的检出情况和上下调情况。下图中横坐标为物质二级分类，一个色系代表一个一级分类的类别，颜色由浅到深代表不同的二级分类；纵坐标是对差异倍数取log2后的值，所以在0这条线以下为差异倍数小于1的物质，即表达下调的物质，在0以上为表达上调的物质；气泡大小为差异显著性P-value值的大小。
图3差异物质分类气泡图
2.作图教程
同样，这里也给大家奉上作图教程。首先点击https://cloud.metware.cn/#/home，注册登录后，在云工具的搜索框中输入“分类”，选择差异物质分类气泡图小工具。如果您的项目是在迈维代谢检测完成的，同样可以直接使用结果文件夹中的表格，位置同上，在2.Basic Analysis→打开需要做图的分组文件→选择后缀是info的表格（如下图）。找到表格后，直接在输入文件处上传，点击提交即可。注意因为二级分类众多，会造成图形很长，这里更建议大家挑选自己感兴趣的物质类别作图。如果您需要自己整理表格，可参照小工具页面右边示例数据，注意列名必须包含Index、 Class I、 ClassⅡ 、P-value和LogFC。
图4差异物质分类气泡图小工具页面示意图
其他物质分类展示图
1.代谢物一级分类占比圈图
一级分类占比圈图可以展示出哪个分类测到的物质最多，哪个类别较少，并且可以给到某个分类测到的物质数量占所有物质数量的百分比。图形最外圈为不同类别的物质及相对含量，一种颜色代表一类物质，柱子长短代表物质相对含量数值的高低，但是需要注意在代谢组中，如果是相对定量的结果，由于离子化效率的问题，同个样本中的不同物质是不能相互比较含量高低的，只能对同个物质在不同样本中含量高低进行比较。从外数第二圈以线段长短代表该分类物质占总所有物质数的比例大小，该分类下物质越多，线段越长。最内圈为每类物质数量占所有物质数的比值。
图5 代谢物一级分类占比圈图
2.Krona分析图
Krona分析图在微生物组中是最常见的，但是也可以用于代谢组或其他组学，同样美观。最里圈为“all”，往外一层为物质的一级分类名称，最外层为物质的二级分类名称，数字为该分类下测到的物质数占所有物质数的比例。
图6 物质分类的krona分析图
3.circos关系图
circos关系图是根据物质类别和物质含量信息进行的图形绘制，可以用于展示每个样本中测到的物质类别。右边最外圈为代谢物的类别，一种颜色代表一个分类，长度是将该分类下的物质相对含量结果进行加和后的结果，加和后的数值越高，线段越长（因为代谢物离子化效率不同，所以在代谢组中此处无具体生物学意义）。第二圈为物质存在的样本。左边最外圈为样本名，一个颜色代表一组样本，第二圈为该组样本中测到的物质类别。中间连线为样本与代谢物的对应关系，线条颜色和组名一致。
图7 circos关系图
以上分析图均可用迈维云平台小工具完成，平台网址：https://cloud.metware.cn/，注册后大家可以在“云工具”选择对应名称的小工具，按照右边示例数据整理好文件，输入文件，即可快速出图啦~
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