论文署名是一项至关重要的事务，既承载着成果分享的光荣，又承担着相应的责任。在处理涉及名誉和利益的事务时，若不慎处理不善，容易引发误解、不解甚至矛盾。尽管署名问题表面看似简单，但在实际操作中却常常充满挑战。
在学术论文中，署名的规范具有重要意义。所有署名的作者都需对论文内容负有责任，而署名作者则是那些为论文做出实质性贡献的人。
一般而言，实验的执行者和文章的主要起草者被列为第一作者，而实验的设计者（指导者）等，如导师或科研团队（课题）的领队，可作为通讯作者。
随着科学研究进入协作时代，诸如脑研究、人类基因组学、全球气候变化等大型科研项目，都需要科学家之间、学术团体之间、国内外科学家之间的密切合作。因此，一篇论文的署名人数也愈发庞大，一些国际合作研究项目中，论文的署名人数甚至可达几十人或几百人，已屡见不鲜。在这种情况下，如何排序署名成为一个重要问题。
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署名原则
以实验生物学为例。作为论文署名的人员应该是在实验设计、数据收集、数据分析和论文写作等全过程中做出了实质性(或主要)贡献的人。按照惯例，一般作为实验的实施者，又是论文的执笔者，自然应该是论文的第一作者，如研究生、博士后、一些年轻学者等。导师或者项目(课题、实验)的设计者，对论文的主体主要负责的人一般作为通讯作者，列在排名的最后一位。联系出国做博士后人都知道往往论文作者的最后一位往往是实验室的负责人。第一和最后一位作者之间的作者排序可以根据对论文的实际贡献大小进行。论文的作者应该做到能够对论文的细节和主要结论熟悉并同意发表，并能够回答读者等对论文的相关问题和质疑。由于有些时候，对一篇论文的贡献大小是很难定量化的，所以最好是在实验开始前，就讨论好论文作者的署名顺序。如果能早些讲清楚署名的原则和相关安排，以后就不会产生一些不必要的纠纷。
对于一些重要的研究论文，多位作者的贡献被认为是相等的，因此可以共同被指定为联合第一作者，但相对较少见到联合通讯作者的情况。那些在实验过程中有一定贡献（例如实验员、动物饲养员等），但未达到被列为作者的标准，以及在论文的创作过程中提供一般性协助（如协助查阅文献、分析数据）的人，在论文中应该受到明确的致谢。
在一些特殊情况下，需要考虑一些额外因素。例如，某些人可能提供了研究中关键的学术思想和设计思路；或者提供了实验中不可或缺的材料；又或者贡献了研究中必不可少的重要实验设备等。在这些类似情况下，如果相关当事者提出要以论文作者的身份署名，这是可以被考虑的。当然，有些情况可能在实验开始前就已经讨论并确定，从而避免了此类麻烦。
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作者的责任
需要强调的是，在论文署名中，作者不仅仅是分享成果的荣誉，更重要的是对论文成果的真实性等方面负有责任。如果论文中未有明确的分工说明，在论文发表后若出现数据不实、剽窃、抄袭等学术不端行为，所有的作者都需承担相关责任。
目前一些学术期刊在发表前要求作者签署声明，明确表示已经阅读并同意发表论文中的数据和结论。有些期刊规定通讯作者可以代表所有作者签署，而另一些期刊则要求详细说明每位作者的责任和贡献，例如谁负责数据收集、谁设计实验、谁实施实验、谁参与讨论、谁进行数据分析以及谁执笔等。这些措施旨在确保每位作者对于论文的内容和结论都有明确的了解，并为任何可能出现的问题负有相应的责任。
之前Nature上刊登诺贝尔奖得主Linda B. Buck和共同作者发表的声明，撤销了他们2001年发表在Nature上的一篇论文，声明中说：“他们发现2001年的论文数据和原始数据间有矛盾。”文章注明了每个作者的贡献，原文是这样的：Author Contributions(作者贡献)：L.B.B. and L.F.H. ,conceived the project(获得项目), L.F.H. and J.-P.M.prepared gene-targeting constructs to generate the mice (准备所必须的实验材料), S.S. trained Z.Z. in gene-targeting techniques (负责技术培训), Z.Z. prepared and analysed the mice and provided all figures and data for the paper(实施实验、获得数据、提供数据和图表), and L.B.B. and Z.Z. wrote the paper (执笔写作). Correspondence and requests for materials should be addressed to L.B.B (通讯作者是Linda B. Buck)。
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不规范署名
目前在国内，存在一些不规范的论文署名现象，原因多种多样，既包括对规则的不了解，也包括其他因素：
1. 随便挂名：一些人不管是否对论文有实质贡献，只要是实验室或研究集体的成员，几乎每个成员都在每篇论文上署名，以增加个人发表论文的数量。
2. 领导挂名：一些研究人员为了迎合某些领导或能够获取资源的官员，会在一些论文上署上领导的名字。有时是领导的明示或主动要求挂名。
3. 名人被借“光”挂名：有些学者为了确保论文审稿或发表的顺利，未经当事人同意，强行将一些知名学者（如院士等）的名字挂上，有时可能是自己的导师等。
4. 为了职称晋升而挂名：一些人为了争取职称晋升，会在没有任何贡献的论文上挂名。
5. 强求挂名：一些项目负责人或实验室领导可能会强求在实验室的所有论文上署上自己的名字。
6. 为了某种目的而收买挂名：在学校评估、博士点申请等迫切需要高质量论文的场合，有人可能利用金钱手段来购买署名权，将自己的名字添加到论文上。
7. 为了毕业和学位而挂名：一些学生为了满足毕业和获得学位的要求，可能急于在没有贡献的文章上挂名。
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